La suite des aventures de Léon, soldat européen contraint de participer à une mission secrète. Parti dans un Japon dévasté et abandonné depuis plus de deux cents ans, Léon et ses compagnons doivent récupérer une arme terrifiante du nom de Tsugumi, mais leur avion s'écrase dans la baie de Tokyo. Léon se retrouve seul, traqué dans une ville peuplée d'étranges créatures.