Rome, 1610. Le Caravage, artiste reconnu de 35 ans, mène une vie dissolue. Le Vatican l'accuse d'hérésie à cause de son traitement profane des scènes religieuses. Pour échapper à une condamnation à mort, il s'enfuit à Malte avec Nerina, une de ses élèves. Ils sont traqués par de mystérieux individus. Nerina veut comprendre leurs motivations, sans doute liées au passé de l'artiste.