Le Crystal qui maintient la vie dans le monde de Thra s'affaiblit peu à peu, laissant les ténèbres étendre leur emprise. Découvrant que les seigneurs Skeksès, assoiffés de pouvoir, sont à l'origine de ce mal, Naia et Kylan, le conteur de chant, accusés de trahison, doivent fuir. Retrouver la légendaire flûte de Gyr est leur seul moyen de prévenir les peuples Gelfling de la menace.