En 1537, au Portugal. Mendès Pinto, 27 ans, fils de Portugais misérables et valet de son état, décide d'aller tenter sa chance en Extrême-Orient. Devenu un des marchands les plus opulents de Malacca, il rencontre saint François Xavier et l'attachement qu'ils éprouvent l'un pour l'autre bouleverse sa vie.