Le navire interstellaire Terra, animé par une intelligence artificielle, Nef, créée par ses passagers dans Destination, vide et devenue un dieu cruel, a été projeté par elle à l'autre bout de l'univers. Il occupe désormais l'orbite de la planète Pandore, hostile aux humains. Morgan Oakes se donne un but : conquérir à tout prix Pandore en sacrifiant des clones humains et détruire Nef.