Six mois après le duel entre Jin et Rei, un jeune garçon se trouve dans le convoyeur à destination de l'Area D. Son nom est Ryô Hazama, et c'est un agent infiltré. La mission qui lui a été confiée n'est autre que de tuer Jin Kazaragi !

C'est le début d'une nouvelle aventure dans l'histoire de l'île mystérieuse !